Esta dica se aplica ao Ubuntu e derivados, e foi testada no Ubuntu 12.04.

Já foi postado aqui no VOL maneiras de remover pacotes órfãos utilizando o Deborphan, porém, há um jeito mais fácil para remover os mesmos pacotes, com o mesmo programa, sem ter que apelar para o apt-get remove, que daria muito trabalho (se existirem muitos pacotes órfãos).

Instalando o Deborphan (digite no terminal):

$ sudo apt-get install deborphan

Depois de instalado, ao se digitar 'deborphan' no terminal, será mostrada uma lista com todos os pacotes órfãos.
Para removê-los de forma prática, digite no terminal:

$ sudo orphaner

Será aberta uma janela com a lista de pacotes que podem ser removidos (órfãos). Basta, então, selecionar cada pacote com a tecla espaço e depois aceitar.

Serão removidos com o apt-get remove, mas sem ter que digitar cada pacote.

Existe ainda o gtkorphan, para executar no modo gráfico, mas para instalá-lo são necessários mais três pacotes, além do Deborphan.

Geralmente, quando executo o apt-get remove (que também é o caso do Orphaner), rodo também o comando abaixo, que sempre remove (quando há para remover) mais alguns resquícios de arquivos:

$ sudo dpkg --purge $(COLUMNS=200 dpkg -l | grep "^rc" | tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 2)

Se aparecer a mensagem abaixo, é porque não há nada para remover.

dpkg: erro:

Todos devem também conhecer o:

# apt-get autoclean

E o:

# apt-get clean

O primeiro remove versões antigas de pacotes de instalação, que ficam em "/var/apt/cache/archives", enquanto o segundo apaga todos, inclusive os novos para liberar espaço em disco.

Ou seja, se executar apt-get clean, não tem porque rodar apt-get autoclean.