unh.... Já curtiu o backup-manager?
Eu tinha algo parecido. Com gral de complexidade alto já. Então centralizei tudo com backup-manager.
Hoje gero uma master a cada 7 dias, o restante é incremental, a cada 30 dias eu começo a reciclagem, compacta da forma que eu quiser, tem parâmetro para backup de banco de dados, gera hash md5 para comparação de arquivo, caso os hashs saim errado ele encaminha e-mail. E muito mais de forma bem simples.
Caso queira dar uma olhada:
# root@nabucodonosor:~# aptitude search backup-manager
p backup-manager - ferramenta de backup de linha de comando
p backup-manager-doc - pacote de documentação para o Backup Manager
Arquivo de configuração:
# vi /etc/backup-manager.conf
Abraço!