O particionamento é uma das preocupações que nós iremos tratar de forma cautelosa, pois o mesmo deve ser elaborado conforme a necessidade da equipe que irá usar o diretório, bem como as pessoas responsáveis pelo desenvolvimento dos sistemas e os administradores dos servidores que se preocupam com as questões de confiabilidade, integridade e disponibilidade, o que ocasionará facilidade de manipulação dos diretórios e backups rotineiros.

Neste caso, usamos um diretório /boot para armazenar as informações referentes à inicialização do sistema operacional, pois em caso de perda de setores da MBR (Master Boot Record), será possível recuperá-los em tempo hábil. Para este diretório não há necessidade de uma grande quantidade de espaço, pois os arquivos que o compõem são pequenos e em pequena quantidade.

O diretório raiz (/) é o diretório utilizado pela maior parte do sistema operacional, portanto é preciso de uma quantidade considerável de espaço para os arquivos do sistema. Também é importante ressaltar a questão das bases de dados caso o sistema ou a aplicação que está trabalhando necessite de uma pequena base de dados, pode-se deixá-la no diretório raiz mesmo. Ao usar bases de dados muito grandes, o ideal seria utilizar compartilhamentos de discos via rede usando tecnologia de armazenamento sofisticadas, como SAN (Storage Área Network) ou NAS (Network Attached Storage).

Escolhe-se o diretório /home para tratarmos das questões de segurança e termos uma melhor forma de lidar com elas, entendendo que o módulo mod_userid será usado para direcionar o diretório /home/usuário/public_html como se fosse o clássico diretório /var/www que o Apache utiliza, porém toda a sua aplicação permanece pública para o usuário, o que pode ocasionar um risco no contexto da segurança. Usando o diretório public_html somente a interface (página principal) do sistema ficará acessível ao apache, os arquivos que tornam as páginas dinâmicas ficarão em um diretório protegido.