Por default a instalação cria somente os seguintes arquivos:

cgi.cfg
commands.cfg
localhost.cfg
nagios.cfg
resource.cfg

Então já que alteramos o arquivo nagios.cfg, onde indicamos que usaríamos arquivos extras, temos que criá-los.

Abaixo criaremos os seguintes arquivos:

contacts.cfg
Arquivo onde é definido o(s) e-mail de contato para envio de notificações.

contactgroups.cfg
Arquivo onde é definido grupos para envio de notificações.

dependencies.cfg
Arquivo utilizado para listar dependências de outros arquivos.

hosts.cfg
Arquivo onde são definidos os hosts a serem monitorados pelo Nagios.

hostgroups.cfg
Neste arquivo pode-se definir grupos de hosts, serve para uma melhor estruturação da rede.

hostextinfo.cfg
Arquivo que contém as informações das imagens a serem carregadas no browser, podemos colocar figuras específicas para cada host ou grupo de hosts.

services.cfg
Arquivo onde são definidos os serviços que serão monitorados em cada host ou grupo de hosts de acordo com os plugins instalados.

servicesgroups.cfg
Neste arquivo definimos a monitoração de serviços por grupo de hosts.

timeperiods.cfg
Podemos definir aqui os períodos de atuação do Nagios, se queremos que funcione entre tais horários, dias ou ambos.

Nota: No arquivo localhost.cfg é possível encontrar os modelos de configuração que serão citados nas linhas abaixo.