Eduardo voce tem que se certificar que o seu iPod e o nano da primeira geracao igual a essa foto:
http://www.vivaolinux.com.br/imagens/artigos/comunidade/nano1.png
Se ele for o da segunda geracao ele nao e suportado por nenhuma das duas distro essa e a foto do nano 2 geracao:
http://www.vivaolinux.com.br/imagens/artigos/comunidade/nano2.jpg
Caso seja o da primeira geracao pode ir sem medo pois nada sera perdido na instalacao pois ele nao precisa de outra particao para rodar,
como se fosse um liveCD que nao modifica nada a sua particao ou arquivos...
Na verdade quando eu falei que voce deve ter um backup e mais para a seguranca da instalacao do ipodLinux porque o Rockbox, que e a versao do linux para o seu iPod, nao tem o menor perigo de voce perder os seus arquivos.
Vamos dizer por exemplo que voce nasceu em uma sexta-feira 13 e voce e o cara mais azarado do planeta, e quando voce tenta desinstalar o Rockbox da um blackout e o seu computador desliga repentinamente, o estabilizador nao funciona, a bateria do ipod estava gasta e nao segura ate o momento da desinstalacao ser concluida! -Que diga-se de passagem "E MUITO AZAR PRA UM CARA SO".
Ainda assim voce nao perde os seus arquivos pois se voce perder o bootloader e nao conseguir iniciar o iPod voce pode copiar a pasta iPod_control para o seu HD e depois usando um windows o mac com o iTunes clique no botao "Restaurar" ele restaura o iPod para o estado original ai e so copiar a pasta iPod_control sobre a outra pasta que o iTunes vai criar no seu iPod quando o Linux perguntar se voce quer copiar a pasta por cima da outra responda "Sim para todos" e pronto la esta o seu iPod novinho em folha.
Nao tenha medo segue o exemplo do artigo e instale sem medo que voce vai ter o seu iLinux.
So um detalhe para voce ouvir as musicas que estao no seu ipod nao navegue pela pasta files mais sim a database.