Na minha opinião o Eclipse 2.1 é o melhor IDE para trabalhar com Java, embora não tenha interface visual para swing e awt ele ajuda muito, pois permite efetuar o debug do Java e também traz em sua lista de tarefas inúmeras mensagens de ajuda na hora de editar o código.

Um outro detalhe importante é que no momento da edição ele exibe aquela caixa com as opções para o comando logo após se digitar o ponto. Exatamente como o Delphi ou o Visual Basic. No Java é complicado lembrar de todas as opções de construtores e mais complicado ainda é lembrar de todas as opções de parâmetros para métodos, sendo assim o Eclipse é imprescindível na edição do código Java.

Comecei a utilizar o Eclipse inicialmente para editar código PHP, entretanto seu plugin PHPEclipse ainda está muito crú, mas para editar o código Java ele é perfeito, principalmente para quem gosta de ver o que está escrevendo no programa. O suporte ao Javadoc também é muito bom e funciona tão bem quanto em linha de comando.