Descobri aqui mesmo pelo VOL o Metacity, um gerenciador padrão do Gnome, porém ele não está ativo em muitos sistemas. Normalmente nós buscamos um melhor ambiente gráfico, até mesmo pelo Compiz ser um pouco mais famoso, mas infelizmente o Compiz não se dá muito bem com algumas placas de vídeo, já o Metacity até agora não me apresentou esse problema.

Vou deixar aqui o comando para vocês testarem o Metacity:

gconftool-2 --type bool --set "/apps/metacity/general/compositing_manager" "true"

Com ele ativado eu consegui dar um melhor efeito de transparência ao meu terminal e ativar docs que antes não conseguia ativar como a AWN.

Se não gostarem é só repetir o código no terminal substituindo o "true" do final por "false" que ele irá desfazer.