Você não precisa conferir "no olho" se o md5 de um arquivo baixado bate com o indicado pelo servidor de FTP (ou HTTP).

Os arquivos de md5 disponibilizados (geralmente) são a saída do comando md5sum, com o número à esquerda e o nome do arquivo à direita, uma linha para cada arquivo. Tendo obtido o(s) arquivo(s) desejado(s) e o arquivo md5, basta dar o comando:

$ md5sum -c nomedoarquivomd5

Para ver isso explicado com outras palavras, dê uma olhada em:

• http://mirror.slacklife.com.br/slackware-current/CHECKSUMS.md5
• http://www.guiadohardware.net/kurumin/dicas/012/index.php#03

Crédito: o pontapé para essa dica foi o script publicado por suicide.solution em md5check - Agilizando checagem de arquivos com checksum.