É importante ler a história dos dois para saber de onde surgiu.
http://www.brasilescola.com/informatica/historia-do-linux.htm
Ou qualquer outro site na internet, só pesquisar.
O Unix foi desenvolvido mais ou menos em 1970. E com isso criou um padrão que depois que evoluiu e ficou chamado em System V. O código do Unix até hoje é comercializado pelas empresas Sun, IBM, HP, etc.
E em 1991 um programador com nome de Linus, começou a escrever um sistema operacional baseado nestes padrões oriundos do Unix, utilizando um código chamado de Minix (sistema operacional que seguia os padrões do unix mas era código livre porque não tinha nada do código proprietário dos unix).
Por isso o Linux segue um padrão que o Unix criou a muitos anos, mas o código, os programas, etc. são novos escritos para o Linux, não reaproveita nada do Unix, a não ser o seu padrão bem definido.
Por isso são 2 sistemas operacionais completamente diferentes no que diz respeito ao seu código.
Essa diferença de "maturidade" dos dois deixa os Unix (IBM AIX, HP-UX e Sun Solaris) mais estáveis no que diz respeito a aplicações e equipamentos de grande porte. Hoje utilizado em grandes empresas e governo. Porém isso tem um preço. São mais caros que os primos Linux.
