Cara o MBR (master boot record) é o setor trilha zero do disco ativo. É por aí que o computador começa a leitura.
A BIOS pode trocar a ordem lógica dos discos e mudar o boot completamente, começando a ler por outro disco.
POIs bem.
Cada vez que você instala um sistema ele instala um ferenciador de boot. No Ubuntu é o GRUB.
O Windows também tem isso, embora meio oculto.
O MBR aponta para um arquivo ce configuração de boot, no cado do GRUB o arquivo é menu.lst
para editar digite
sudo /boot/grub/menu.lst
Aí você vai escrever linhas para cada sistema operacional indicando em qual partição elel está.
O próprio grub tem umas instuções nas linhas que começam por tralha #
Essas linhas estão desativadas e são só para explicar.
Há um exemplo de indicar o windows, é só acertar o disco e a partição.
O Disco é (hd0,0) primeiro disco primeira partição
(hd0,1) Primeiro disco primeira partição
hd1,0 Segundo disco primeira partição
e assim por diante.
Para o Linux você tem que indicar o disco e a partição de boot
/dev/hda1 Primeiro disco primeira partição
/dev/hdb1 segundo disco primeira partição
/dev/hdc3 terceiro disco terceira partição.
se o disco for SATA ele vira
sda1 em vez de hda1 o resto é igual.
Para as partições linux o kernel tem que ser indicado igualzinho está na partição indicada
no diretório /boot/vmlinuz-2.6.17-4-generic
Se você errar um caracter não funciona.
No próprio texto há exemplos, é só copiar acertar os endereços e salvar.
Lembre-se que as linhas que começam por tralha # estão destivadas.
É isso.
OUTRA OPÇÃO.
Você pode usar um boot manager independente e fácil de instalar como o GAG (Gestor de Arranque Gráfico).Veja as instruçoes em português aqui:
http://www.linuxbsd.com.br/phpLinuxBSD/modules/artigos_tecnicos/gag.htm
E para baixar o arquivo ele está aqui:
http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=67836
Boa sorte.
