Programando [RESOLVIDO]

Olá internautas, tenho uma dúvida em programação no geral,
Eu preciso fazer um arquivo em php, css, javascript e html, para fazer meu site por exemplo, eu uso todas as linguagem juntas em um único código ou tenho que fazer códigos separados para depois juntá-los para formar meu site?
Se eu tiver que juntá-los, como eu faço isso?
Sou iniciante em programação, estou tentando me aprofundar mais no assunto,
Obrigado!

Programação em php nada mais é que códigos escritos em php que são inseridos dentro do html.
Dentro do html você coloca também chama os arquivos css, que são arquivos contendo as configurações de layouts e que são mostrado na hora da renderização.

Não sei se expliquei bem, mas de todo modo, leia essas duas páginas que vão acabar suas dúvidas:

https://www.caelum.com.br/apostila-html-css-javascript/
https://www.caelum.com.br/apostila-html-css-javascript/introducao-a-php/

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www.aldo.ws: Notícias, dicas e tutoriais sobre Gnu/Linux, especialmente sobre a distro Fedora.

Boa tarde Gabriel.
Segue o link para um ótimo site, aborda várias linguagens web.
http://www.w3schools.com/js/
Aqui uma explicação sobre o PHP!
http://www.w3schools.com/php/php_intro.asp

Para programar em PHP tu deverás mesclar HTML, Javascript e CSS.
Os arquivos CSS podem ficar separados e tu chama, por exemplo, com <link type="text/css" rel="stylesheet" href="/syslogin/css/cadcardapio.css">
Os arquivos Javascript também podem ser chamados assim:
<script type="text/javascript" src="/syslogin/DHTMLX/codebase/message.js"></script>
ou podem ficar mesclados com PHP. HTML e CSS no mesmo arquivo.

Isso depende da estrutura que tu quer dar ao teu site.

Envolve desempenho, legibilidade do código, organização de arquivos... enfim, como tu é iniciante aconselho a "meter a mão na massa" e estudar.

Olá, cara estou no mesmo barco que você, estou aprentendo quase tudo que você citou em sua pergunta, procure pela Bradesco escola virtual la tem cursos online ensinando tudo isso.
Mas pela minha pequena experiencia lhe adianto que e melhor fazer em arquivos separados e linkar tudo.
A um canal no youtube &#65279;RBtech, tiro duvidas de la. Ele tem cursos de HTML5, CSS3 e PHP.

https://secure.php.net/manual/pt_BR/

http://www.w3schools.com/