Dúvida com permissões de arquivos

Olá pessoal,

procurei aqui na internet e não achei nada a respeito disso.
A dúvida é a seguinte:

o sistema pode alterar as permissões de arquivos durante o boot?

Estou perguntando isso, pois instalei um programa aqui no debian e alterei as permissões. Quando fui usar o programa novamente as permissões não estavam mais como eu as havia deixado (foram resetadas).

Desde já agradeço.

por padrão não, agora se tiver algum script que esteja alterando pode acontecer.