Programação para linux [RESOLVIDO]

Prezados, boa noite.

Creio que minha dúvida pode ser um pouco confusa, mas vamos la. Programo em java, js e um pouco de C#, gostaria de aplicar meu conhecimento para criação de softwares nativos linux, gostaria de uma direção de como posso programar para linux, sei que está vago mas é mais ou menos isto, não sei como iniciar uma aplicação para linux a não ser em Java/SE.

Dicas?

Bom, basicamente a programação em Java para Linux é a mesma para Windows ou outro sistema, pois o Java é multiplataforma.

No Windows eu usava o Netbeans, no Linux usava o Eclipse.
Às vezes usava o bloco de notas mesmo ou um outro editor de texto um pouco mais aprimorado.

http://javafree.uol.com.br/

http://www.guj.com.br/forums/list.java

Em C para a plataforma Linux é utilizado o compilador GNU C Compiler ou simplesmente gcc.
Para a plataforma Windows é utilizado o Borland C++.

Embora a linguagem C seja portável, algumas funções são específicas para cada sistema operacional.

http://www.mlaureano.org/livro/Programando_C_conta.pdf

Para desenvolver em C# use o MonoDevelop.

Acho que não entenderam muito bem ou eu que expliquei errado, gostaria de aplicar a programação java para programar software livre, gostaria de conhecer os meios para utilizar a linguagem java para a criação destes, compreendem?

Prezado, muito obrigado pelo esclarecimento era exatamente isto que gostaria de saber, achava que para criar um programa .rpm .deb teria de seguir algum padrão de criação como programação em C ou algo do tipo. Já conheço o git por utilizar o github no controle de um programa em específico. Desde já, muito obrigado, foi muito esclarecedor!