cryptografia de senha

Bem amigos, estou com um problema bem seriu com ciptografia de senha.
Eu tenho um metodo que cripitografa senha no tipo MD5, a te ai tudo bem.
So que se eu cadastrar essa senha no Windows, e ir para o linux e rodar o projeto nuam consigo loguar de forma alguma e viser versa. Estou tirando essa duvida aki por naum pretendo mais usar de forma alguma Windows so que tenho muitas aplicações feitas nele e naum posso recadastrar tudo.
Alguem tem noção do que esta acontecendo.

Eu já usei algumas vezes o MD% e fica tranquilo nos dois sistemas. Como vc está implementando isso? Já verificou se o armazenamento das senhas fica igual nos dois sistemas? Como está armazenando essas senhas?

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