Comando de programa instalado não funciona

Olá pessoal,
Sou bem nova nisso tudo, e estou usando um servidor linux CentOS.
Instalamos um programa que uso nas minhas análises de mestrado, mas os comandos simplesmente não funcionam.
Eles possuem sempre um .pl no fim
por exemplo:

table_annovar.pl

e aparece:

-bash: table_annovar.pl: comando não encontrado

Não sei o que fazer. Alguém tem uma dica?

Obrigada!

Então, não deveria ser ./alguma_coisa.pl ???
Onde está esse script? Já tentou torná-lo executável com um

chmod +x alguma_coisa.pl 

??

e você teria que colocar algo como um:

#!/usr/bin/perl 

Na primeira linha dele para ele se tornar executável.