Computador não inicializa com hd externo plugado

Sempre gostei de ter o Linux instalado em pendrive para poder ter o meu sistema sempre à disposição, recentemente comprei um hd externo de 1 terabyte para ser usado com o mesmo propósito, mas após a instalação do sistema Linux no hd externo o computador não dá o boot inicial com o hd externo plugado. O que posso fazer para resolver?

Precisa ver qual é o módulo do sistema que seu disco usa quando é conectado com o computador é ligado e carregar esse módulo durante o boot.
Digite lsmod e guarde a lista de módulos em um arquivo.
Conecta seu disco com o computador ligado, deixa ele montar automaticamente e digite lsmod e guarde essa lista de módulos em outro arquivo.
Compare as duas prá ver o que mudou.
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Encryption works. Properly implemented strong crypto systems are one of the few things that you can rely on. Unfortunately, endpoint security is so terrifically weak that NSA can frequently find ways around it. — Edward Snowden

verifique na BIOS a ordem de boot primário deve ser o HD de seu computador

se você já colocou o dispositivo da porta USB,onde espeta o pendrive ouo cabo do HDD externo, e não funcionou, só funciona com pendrive?
se for isso, tenho em em mente o que possa ser, mas é um palpite.
alguns HDDs externos, a "força", a corrente máxima drenada da porta USB comum, não é suficiente para fazer o HDD externo funcionar.
Vai precisar de um HUB com fonte externa.
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Albfneto,
Ribeirão Preto, S.P., Brasil.
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Distros Favoritas: Sabayon, Gentoo, openSUSE, Mageia e OpenMandriva.

Bem observado, realmente isso pode acontecer. Eu aqui, por exemplo, tenho um HD externo que só funciona bem se eu conectá-lo em duas portas usb, um cabo para dados e outro para energia (auxiliar).

Antes ele funcionava perfeitamente, chequei a bios e parece que está tudo normal. O problema é o seguinte com o hd externo plugado a bios nem inicializa.