Php+Mysql

Eu estou com problemas, com o banco de dados em questão de performace, eu não sei se é alguma coisa com o linux , mysql ou o php. Ele fica travando, minha aplicação é muito simples, eu estou acessando remotamento o servidor do bd dados, ele fica sempre atualizando as informações que vem do bd mas tem vezes que trava alguns segundos...alguém tem alguma sugestão do que deve ser?

Não sou um Xpert no assunto, mas vou tentar ajudar.

- fazendo a mesma pesquisa no diretamente no banco o tempo de resposta é bom?
- o hardware da máquina trabalha com folga rodando o sistema?
- ja tentou fazer pesquisas mais simples no PHP?

vamos tentar achar onde está o problema, para depois propor soluções.

Eu teste ele no windowns e rodou performace melhor do que no linux, não estou entendendo está terrivelmente lento zerei o banco e inseri apenas uma linha na tabela e está a mesma coisa, estou usando flash+php+mysql