shell script dentro do php

existe uma forma de usar shell script em php sem usar exec() system() essas coisas? direto no arquivo?
ex:
<?php
$usuario = 'fulano';
$senha = '123'

aqui-alguma-funcao/comando-que-troca-pra-shell(){
#!/usr/bin/expect -f
spawn su $usuario -c 'rm -Rf ~/*'
expect 'Senha: '
send '$senha\r'
...
}

mais-php(){
}
?>

e sim; tem uma mistureba com esse tal de expect, aí eu me perco todo porque tem de ficar abrindo uma porção de arquivos

qual o problema de usar o exec() ou system() já que eles foram feitos para fazer isso que você está querendo?

Acredito que apenas com os comandos específicos seja possível. Alguns que você citou e outros que peguei do help do PHP.

1. system() - Execute an external program and display the output
2. passthru() - Execute an external program and display raw output
3. pcntl_exec() - Executes specified program in current process space
3. exec()