CNES - Proxy barrando

Boa tarde Amigos.
Tenho um servidor Proxy na minha rede, e, uma das máquinas utiliza o programa "CNES", do governo.
O problema é que quando este programa tenta acessar os servidores web, tanto para atualização como para envio de remessas, o programa retorna que está sem conectividade com a Internet.
Tenho no meu IPtables, uma regra que libera acesso à qualquer porta.
Utilizo proxy transparente.

Algumas opções:
1 - Configure o proxy manualmente na configuração do CNES (Depois feche e abra novamente o programa):
http://bit.ly/1RdiyaD <- Manual, na pagina 185

2 - Tente capturar o trafego orindo da maquina (tcpdump), para descobrir os endereços e portas usados neste processo para libera-los (Atenção para as portas, pode precisar adicionar as safe-ports do squid).

3 - Ultimo caso, criar regra no iptables que libera a conexão desta maquina ao endereço/servidor:porta que o CNES estiver tentando comunicação

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¿? -> keyboard Error: No Keyboard Present, PRESS F1 to continue.

Outra, verifique se ele está atualizado (se usam muito pouco, pode não estar, lembro de uma vez ter alguns problemas com o software que no fim das contas era uma versão desatualizada, existia uma mensagem no site para a atualização inclusive).

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¿? -> keyboard Error: No Keyboard Present, PRESS F1 to continue.

Eu fiz os procedimentos, e continua não dando certo.
Eu consigo atualizar normalmente o programa, quando uso uma outra rede fora do proxy, mas dentro do proxy não.
O engraçado é que, no próprio cnes, tem a parte de teste de conexão, e lá, quando eu testo, aparece conexão bem sucedida.
Já tentei acessar o ftp via browser, o acesso está normal.