Compilação completa!

Como saber qual tipo de aplicação eu posso ter melhor rendimento compilando(emerge) ou pré-compilado(equo)?

Bem... o que seria rendimento para você? Se está falando da velocidade, teoricamente as aplicações que você compilar (emerge/portage) serão mais rápidas que as instaladas pelo entropy. Mas isso depende das USE Flags que irá usar, se você não souber usar as Flags para ter pacotes mais enxutos a diferença será muito pouca, tudo depende de como você usa o Portage.

teóricamente todas, mas na prática, em computadores maiores, as diferenças são poucas e precisa comparar o mesmo ambiente gráfico, e modificar as FLAGS.

Ex, um Gentoo com KDE não será mais rápido do que um Sabayon com LXDE por exemplo.
e passou o pacote para outro micro, ele "fica" um pacote geral.

se quiser testar, pegue um Sabayon pequeno, ex com fluxbox e instale no HDD. instale um pacote de benchmarks. teste. anote ou imprima...

agora acerte as use flags e o recompile com portage, inteiro, meça de novo. Nesse , recompilado, não poderá mais usar entropy, só portage.

tente com um pequeno, sabayon server, ou no máximo fluxbox, pq grande, como o KDE, possível que ele quebre ou mesmo não recompile com facilidade, pq vai ter muitos pacotes bloqueados, mascarados ou colisões.