O problema:
Alguns arquivos, sem padrão(ou seja, acontece tanto com .pdf, .doc e etc..) quando eles são deletados e vão para a lixeira, eles ficam zerados.
Estranho que isso não acontece com todos. Vamos dizer que a cada 10 arquivos deletados, 1 acabe ficando com 0KB.
O estranho é que realmente não consegui identificar um padrão nesses arquivos que ficam com 0KB.