Como instalar o RepeatExplorer no Linux

O ReepeatExplorer é um sistema usado para analisar DNA, tem que instalar vários pacotes e estou bastante embaraçado. O que disponho são de informações do desenvolvedor http://www.repeatexplorer.org/ e das instruções de instalação http://w3lamc.umbr.cas.cz/repeatexplorer/?page_id=166#installation , mas honestamente achei este guia de instalação muito incompleto.

Alguém já instalou o ReepeatExplorer no Linux ou poderia me dar uma ajuda?

Desde já agradeço as contribuições.

Eu também não entendi nada, aí fui por dicas de sites de bioinformatas os passos que realizaram para usar direto o RepeatExplorer direto na máquina (muitos dos passos não constavam no manual de instalação) mas mesmo assim não ocnsegui fazer rodar (depois de quase duas semanas nessa função).
Agora estou rodando os dados no webserver online, mas demora muito! Já se passaram quase três dias e nada (e li em algum site que online chega a demorar quase seis dias!!) sendo que instalado ele roda em poucas horas.

Se alguém conseguiu rodar por linha de comando deixa aqui os passos, dicas, site informativos, etc etc, por favor!

Obrigada :)