O Ubuntu Lucid Lynx, minha distro atual, tem um tema padrão para o mouse que parece antigo (pelo meu gosto) e, como muitos já devem ter percebido, trocá-lo por um baixado do Gnome-Look faz com que os temas variem na tela, ora aparecendo um, ora outro.
Depois de muito tentar ter um tema único e moderno para o mouse desde o GDM, cheguei na solução que posto agora, em poucos passos:
1) Instale o tema para o mouse do Moblin, que tem uma aparência original e moderna:
sudo apt-get install moblin-cursor-theme
2) Abra a janela Aparência em Sistema > Preferências e escolha o tema Moblin para o mouse na aba Tema, botão Personalizar, aba Cursor;
Isto fará abrir a janela Aparência para o usuário GDM (tela de login), onde o tema Moblin deve ser mais uma vez escolhido na forma do passo anterior;
4) No mesmo terminal, digite:
sudo update-alternatives --config x-cursor-theme
E escolha o número correspondente ao tema Moblin.
Seguindo os passos acima você deve ter o tema Moblin no GDM, na sua sessão do Gnome e nos programas abertos como root. Ele será o único a aparecer no seu desktop.
Lembrem-se que essa dica vale para qualquer dos pacotes cursor-theme instalados pelo Synaptic e, apesar de direcionada ao Ubuntu, deve funcionar em qualquer distro com Gnome 2.x.