Uma das maiores dificuldades que se tem é garantir a compatibilidade das distribuições Linux com os pacotes que fornecem certificados digitais. O empacotamento por vezes pode ser compatível (como o caso do deb fornecido pela Safesign para Ubuntu quando instalado no Debian) mas por vezes não o é (como no caso do rpm fornecido pela Safesign para RHEL no openSUSE).
Hoje em dia isso pode ser facilmente ultrapassado mediante o uso do distrobox em conjunto com podman.