Softwares para Biólogos no Linux

roderico

Uma lista dos softwares que utilizo/utilizei para produção científica nas Ciências Biológicas. No final, uma lista de pequenos softwares que me auxiliam na vida acadêmica de forma mais genérica.

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Por: Rodrigo Valentin em 10/06/2015

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Softwares diretamente relacionados à produção científica

A minha experiência de uso no sistema GNU/Linux de softwares científicos, não me deixou na mão até agora! Poucos são os que não possuem versão *Nix e para esses, poucos os que não funcionam via wine!

Estatística com R e Rcomdr

Odiado ou amado, R é um pacote "crú" de estatística pura, em modo de linha de comando. O RCmdr torna as coisas mais palatáveis.

Sim! Alguns não acreditam quando digo que o R possui uma interface amigável. Aliás, uma não, várias, se procurar com carinho! =D

R e Rcmdr são softwares livres que instalam através da "Central de Programas" ou (nos Debian-like) do comando mágico:

sudo apt-get install r-base-core r-cran-rcmdr

BioEstat®

Bem conhecido programa de estatística pelos biólogos que, por enquanto é software proprietário. OK, é um programa para Windows. Mas via Wine (v1.6.2), ao menos a versão 5.3 roda bonitinha aqui.

Link para baixar:

http://www.mamiraua.org.br/cms/content/public/documents/BioEstat-5.3-Portugues.zip

Past

Outro software de estatística, também livre, mais voltado a Paleontólogos, porém também sem versão GNU/Linux. A versão 2.x (a minha aqui: 2.17) roda lisinha via Wine 1.6.2.

A 3.0 já engasga um pouco, mas, como sempre a tendência é os desenvolvedores do Wine ir lapidando e o Past 3.0, futuramente ficar perfeito.

http://folk.uio.no/ohammer/past/

ECOLOG

Um software livre multiplataforma (Linux/Windows/Mac) para análise de coletas de campo.

Está na versão 5 e na arquitetura linux x86 (já que não apareceu versão 64 no sourceforge), funciona no meu x86_64 numa boa, com um pequeno bug: não criou corretamente o menu de execução.

Sobre isso é simples: adicione na propriedade do executor, que terá comando como: "/usr/local/ECOLOG/ECOLOG".

Acrescente mais um ECOLOG, ficando assim: /usr/local/ECOLOG/ECOLOG/ECOLOG

Pronto! Link:

http://ecolog.sourceforge.net/

QGIS

Aos biólogos com necessidade de construção de mapas (muito comum), esse software multiplataforma (Linux/Windows) é excelente, com possibilidade de aumentar ainda mais os recursos através de plugins.

QGIS é software livre que instala através da "Central de Programas" ou (nos Debian-like) do comando mágico:

sudo apt-get install qgis

treeviewx

Construtor de árvores filogenéticas, semelhante à função daquele treeview versão Windows.

treeviewx é software livre que instala através da "Central de Programas" ou (nos Debian-like) do comando mágico:

sudo apt-get install treeviewx

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Comentários

[1] Comentário enviado por removido em 10/06/2015 - 14:03h

Muito bom! O que li a respeito de softwares no meio acadêmico é justamente o oposto.
Que não se compartilha o código e criam projetos colaborativos. Fora licença para uso.
Eu li, mas no momento estou sem a referência.
Isto se traduz em determinado nicho da produção acadêmica e científica.
Gostaria de que alguém esclarecesse em que ponto isto pode soar verdadeiro.
--
Encryption works. Properly implemented strong crypto systems are one of the few things that you can rely on. Unfortunately, endpoint security is so terrifically weak that NSA can frequently find ways around it. — Edward Snowden

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[2] Comentário enviado por santosbrc em 10/06/2015 - 16:15h

Adorei o artigo, eu não sabia que tinha past para Linux e com R, biostat não faz falta ;). Não uso esses softwares a bastante tempo, mas compartilharei a dica com os amigos.

Abs.

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[3] Comentário enviado por roderico em 12/06/2015 - 12:33h

[2] Comentário enviado por rafaelocremix em 10/06/2015 - 16:15h

"...eu não sabia que tinha past para Linux"

Abs.

--> Me pareceu que tu entendeu errado (ou fui eu? =) ) O meu Past aqui roda via wine, porque apesar de ser livre, só tem versão rwindows®. E infelizmente os usuários do BioEstat não sabem a facilidade que usuários GNU/Linux têm de instalar o Rcmdr através de um único comando. :3
Abs!

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[4] Comentário enviado por roderico em 12/06/2015 - 12:39h

[1] Comentário enviado por listeiro_037 em 10/06/2015 - 14:03h

...O que li a respeito de softwares no meio acadêmico é justamente o oposto.
Que não se compartilha o código e criam projetos colaborativos. Fora licença para uso.
Eu li, mas no momento estou sem a referência.
Isto se traduz em determinado nicho da produção acadêmica e científica.
Gostaria de que alguém esclarecesse em que ponto isto pode soar verdadeiro.
--
Encryption works. Properly implemented strong crypto systems are one of the few things that you can rely on. Unfortunately, endpoint security is so terrifically weak that NSA can frequently find ways around it. — Edward Snowden

Cara, o Stalman veio do meio acadêmico... Mas o que sinto pelo que tenho visto é que se um software se estabelece e ganha muito ampla aceitação, algum malandro vai e fecha o código; mas compensa mais quando é um sistema muito complexo de gerenciamento de grandes centros científicos. Tempo atrás li um artigo gringo fantástico, trabalho de primeira, grande repercussão feito inteiro (ou quase, porque não verifiquei todos ) com SL... e acho que em geral é assim. Mas posso estar enganado.

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[5] Comentário enviado por removido em 12/06/2015 - 22:21h

[4] Comentário enviado por roderico em 12/06/2015 - 12:39h
Cara, o Stalman veio do meio acadêmico... Mas o que sinto pelo que tenho visto é que se um software se estabelece e ganha muito ampla aceitação, algum malandro vai e fecha o código; mas compensa mais quando é um sistema muito complexo de gerenciamento de grandes centros científicos. Tempo atrás li um artigo gringo fantástico, trabalho de primeira, grande repercussão feito inteiro (ou quase, porque não verifiquei todos ) com SL... e acho que em geral é assim. Mas posso estar enganado.

Eu me refereia exatamente a essa parte de um espertinho fechar o código de algo que deu certo. O Stallman popularizou a ideia de compartilhar código mas nesse começo era mais código voltado à própria computação. Eu me referia mesmo a algum software do meio científico e parece-me que você expressou bem o que eu queria dizer com esses códigos fechados. Mas eu não sei o quanto nisso há de regra e há de exceção.

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