Flags: são as opções do comando dado ao sistema operacional, geralmente precedidas de traço (-) e que podem ser visualizadas através do man <comando>.

Argumentos: no caso acima por exemplo, man <comando>, comando é o argumento, ou seja é a instrução (informação) que será processada, editada, lida ou alterada pelo sistema operacional.

E nunca esqueçam: não se apavore quando você der um comando e não ver nenhuma mensagem, somente o sistema voltar para o prompt. No Linux, quando tudo correu bem, por padrão não é devolvida nenhuma mensagem no vídeo, somente são mostradas mensagens de erro! Esses dias tiveram membros do site com essa dúvida e estou aproveitando a deixa!

Outra dica: utilizando o Xterm no modo gráfico, podemos rodar um aplicativo e utilizar o "&" para fazê-lo independente do console, pois por padrão, ao executar um programa e fechar o Xterm o aplicativo também é fechado.
Ex.:

$ kspread

Ao fechar o Xterm o Kspread também é finalizado

$ kspread &

O kspread torna-se independente, podemos fechar o Xterm que o Kspread continuará trabalhando.

Para os marinheiros de primeira viajem, kspread é o aplicativo de planilha eletrônica.