A concretização deste curto artigo surgiu através de um tópico aqui no VOL, mas a idéia já vicejava há algum tempo, tendo em vista certa dificuldade encontrada na instalação do
VMD no
Debian e no Ubuntu.
Então, resolvi encontrar um tempo na minha agenda apertada (como se eu fosse um sujeito muito ocupado...).
Como sempre, leia todo este singelo texto antes de sair executando os comandos.
VMD
O VMD (Visual Molecular Dynamics) é um software projetado para modelagem, visualização e análise de sistemas biológicos, tais como proteínas, ácidos nucleicos, montagens lipídicas em bicamadas, etc, mas também pode ser utilizado para visualizar moléculas mais gerais.
O VMD pode ler arquivos de proteínas padrão e exibir a sua estrutura. O VMD fornece uma ampla variedade de métodos de renderização e colorização de moléculas: pontos e linhas simples, esferas e cilindros de CPK, tubos de backbone, desenhos animados e outros.
O VMD pode ser usado para animar e analisar a trajetória de uma simulação de dinâmica molecular (DM). Em particular, o VMD pode atuar como uma interface gráfica de um programa externo de dinâmica molecular, exibindo e animando uma determinada molécula.
Instalação
Site do VMD:
Para fazer o download do VMD, acesse o link:
Escolha a versão correta na seção:
Version 1.9.1 (2012-02-04) Platforms
Vamos instalar essa versão estável, pois a atual ainda é Beta. Além do que, tanto a versão estável quanto a versão Beta apresentaram o mesmo erro abaixo. Assim que a versão 1.9.2 se tornar estável, siga os mesmos procedimentos aqui descritos para instalação e se o erro continuar persistindo, faça o mesmo procedimento para corrigir o erro.
Escolha a sua versão para download de acordo com o seu sistema, 64 ou 32 bits:
- LINUX_64 OpenGL, CUDA (Linux (RHEL 4.6 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 w/ SSE, with CUDA) --- 64 bits
- LINUX OpenGL, CUDA (Linux (RHEL 4.6 and later) Intel/AMD x86 w/ SSE, with CUDA) --- 32 bits
Após clicar em um dos links, faça a registração, logue-se, aceite a licença e faça o download.
Para a versão 64 bits, é possível fazer o download pelo
wget no seguinte link:
# wget http://folk.uio.no/anderhaf/fys3150/vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz
Salve o arquivo em um diretório de sua escolha, atualize o sistema e instale as dependências:
# apt-get update
# aptitude safe-upgrade
# aptitude install binutils module-init-tools
# apt-get install csh tcsh
# apt-get install libstdc++6
# apt-get install rlwrap
Descompactando e instalando:
# tar -xzvf vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz
# cd vmd-1.9.1
Depois faça:
# ./configure
# cd src
# make install
Terminará com:
«VMD installation complete. Enjoy!
Execute:
# vmd
... e deverão abrir as janelas do VMD.
Configuração
Caso apareça o seguinte erro:
«rlwrap: No match.
Edite o arquivo:
# vim /usr/local/bin/vmd
Usei o
vim, uses teu editor preferido. Dentro do arquivo, encontre essa parte:
# detect if we have rlwrap available to have commandline editing
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
set rlwrap=`which rlwrap`
if ( -x "$rlwrap" ) then
if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then
set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
else
set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
endif
endif
endif
E deixe ela assim:
# detect if we have rlwrap available to have commandline editing
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
set rlwrap=`which rlwrap`
if ( -x "$rlwrap" ) then
if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then
# set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
else
# set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c "
endif
endif
endif
Basicamente, comente as duas linhas colocando um
# na frente delas e acrescente as outras duas embaixo de cada uma.
O problema está na flag
-b, seguida pela expressão regular
-b(){}[],&^%#;|\\ , é só suprimí-las e o VMD funcionará normalmente no Debian.
O aviso aparenta ser um problema do CSH, que não consegue interpretar a expressão regular, por isso o aviso
rlwrap: No match, ou seja,
rlwrap: não combina, não corresponde.
Entrei no arquivo
/usr/bin/rlwrap para encontrar a correspondência da expressão, porém, o mesmo é um arquivo binário e como não tem necessidade destrinchá-lo, encontrei a solução
nesse link, mexendo no arquivo
/usr/local/bin/vmd.
O
rlwrap (readline wrapper) executa um comando especificado, interceptando a entrada do usuário a fim de fornecer a edição de uma linha, a história persistente e a conclusão. Resumindo, o
rlwrap, a grosso modo, faz com que o comando
vmd seja devidamente interpretado no terminal, sendo que a execução do VMD se dá de forma completa, mesmo com as alterações feitas.
Maiores informações:
man rlwrap
Faça as alterações, salve, saia do arquivo e execute:
# vmd
... que deverá abrir as janelas do VMD. Enjoy.
Para remover, entre nos diretórios:
- /usr/local/bin e /usr/local/lib.
- Delete a pasta vmd, em cada um deles.
E reinstale uma nova versão, se quiser.