Antes de compilar é necessário baixar os fontes. Por isso acesse:

• http://www.swi-prolog.org/

Vá na parte de downloads e baixe o source (lá vai estar escrito "Full source").

Depois de baixar, abra o terminal (caso esteja em modo gráfico e utilizando o KDE, basta apenas clicar no arquivo pl-x.x.x.tar.gz [onde x é a versão] com o botão direito do mouse, clicar em Extrair >> Extrair para pl-x.x.x) e digite:

I$ tar -zxvf pl-x.x.x.tar.gz

Agora, se não for o superusuário, você pode gerar um executável do compilador da seguinte forma.

1. Vá para a pasta em que foi descompactado o prolog. Deve ser algo como pl-x.x.x. Dentro dela, procure a pasta src:

$ cd pl-x.x.x/src/

2. Agora digite:

$ ./configure

Fique atento às mensagens. Se acontecer algum erro, provavelmente será alguma biblioteca requisitada que você não tem. Mas isso não é empecilho. Você pode baixar a biblioteca da internet e continuar a compilação.

3. Por fim, digite:

$ make

Isto gerará um executável (Não se preocupe se aparecer um warning no final) que você pode pegar na pasta src mesmo. O arquivo é o pl.sh.

Para utilizá-lo você pode copiá-lo para a pasta onde estão seus arquivos prolog e simplesmente escrever:

$ ./pl.sh

Utilizando o modo root você tem de fazer a mesma coisa que no modo não-root:

Ir para a pasta pl-x.x.x/src/ e:

# ./configure
# make

E agora, o diferencial:

# make install

Desta forma você gerará um arquivo executável que ficará em /usr/local/bin/pl. Por exemplo, para utilizar o interpretador basta digitar "pl" em qualquer diretório.

Para compilar um arquivo prolog, abra um terminal na pasta em que está o arquivo e digite pl para chamar o interpretador. Depois digite [nome_do_arquivo].

A partir daí você pode fazer as consultas da maneira que quiser.

Um detalhe:
Não se esqueça que a extensão de arquivos prolog é *.pl (não confundir com arquivos perl). Se for editar o arquivo no KDE, utilizando o Kwrite ou Kate, você pode configurar tais editores para apresentar o destaque prolog, clicando em:

Ferramentas >> Destaque >> Fontes >> Prolog.

Isso te ajudará a evitar erros.