Hoje em dia não tenho estes problemas, mas na minha época de usuário KDE, isso era uma constante.

Para rodar aplicações gráficas como 'root', era necessário rodar o comandozinho mágico xhost abaixo, e a seguir chamar a aplicação, seja logando-se como 'root' ou usando o 'sudo':

xhost+
$ sudo programa

Ou:

kdesu programa

Ou simplesmente:

su
# programa

Para quebrar esse 'feitiço', existe o sux. Para instalá-lo:

sudo apt-get update
$ sudo apt-get instal sux -y

E para usá-lo:

sux
# programa

Em imagens:
Obs.: Acima, notem a linha 'creating new authority file /root/.Xauthority'.

E rodando alguns programas...

- Synaptic:
- Nautilus:
- K3b:

Obs.: O K3B inclusive, venho rodando como 'root' após ter tido problemas de gravação e os problemas cessaram.

A referência inicial ao KDE (seja ele o 3.x ou o 4.x), se deve ao fato que usando o 'sudo' diretamente, ocorriam problemas com permissões dos arquivos de configuração, sejam eles do Dolphin, Kwrite e etc.

Muitas das vezes ficava até impossibilitado de logar-me na sessão, e sendo assim tinha que recorrer ao shell, ou para alterar as ditas permissões ou simplesmente, remover as pastas do KDE.

Referências

• http://www.uniriotec.br/~morganna/guia/xhost.html
• http://techpatterns.com
• http://manual.aptosid.com
• Tópico: Debian Squeeze KDE
• Tópico: Erro ao abrir Nautilus pelo terminal
• Tópico: Rodando Programas no X como Root
• Tópico: Não consigo abrir Dolphin como Root

Publicada em meu Blog:

• http://gnu2all.blogspot.com - Rodando Aplicações Gráficas como Root