Para substituir os espaços em branco dos nomes dos arquivos no diretório corrente por underlines, faça:

$ for i in *' '* ; do mv "$i" "${i// /_}" ; done

Ex.:

$ ls
meu arquivo texto 1.txt
meu arquivo texto 2.txt
meu arquivo texto 3.txt
...

$ for i in *' '* ; do mv "$i" "${i// /_}" ; done

$ ls
meu_arquivo_texto_1.txt
meu_arquivo_texto_2.txt
meu_arquivo_texto_3.txt
...

Falou!!!