Vamos utilizar um efeito do Compiz para deixar as janelas transparentes. Na verdade vai além das janelas, pois até os vídeos em execução ficam transparentes.

Os pré-requisitos são o Compiz instalado e habilitado e o CCSM (gerenciador de configurações do Compiz) instalado.

Configurando:

1) com o Compiz habilitado, vamos abrir o CCSM para fazer as devidas configurações. Abra um terminal e digite:

ccsm

2) com o CCSM aberto, vá na opção "Acessibilidade" -> "Opacidade, Brilho e Saturação": É neste local que deve ser habilitado o efeito, junto com as devidas configurações. Marque a opção "Habilitar Opacidade, Brilho e Saturação": Configure agora os efeitos de "opacidade", que efetivamente vão deixar as janelas transparentes. Vá nas configurações de "Window specific settings" -> "Novo" -> "Window values" e coloque um valor para a opacidade das janelas (eu uso 95). No campo "Window" digite "name=": Pronto, as suas janelas já devem estar transparente: É importante mudar primeiro o "Window values", pois ele inicia com "zero" por padrão. Se você colocar suas janelas com opacidade 0, não vai conseguir ver nada. Isso já aconteceu comigo e tive que usar a linha de comando para reiniciar o Compiz, fazendo a configuração correta.

Abraços a todos!