Bioinformática - Montagem de genoma com AMOS
Dica publicada em Linux / Introdução
Bioinformática - Montagem de genoma com AMOS
1. Sobre o AMOS
AMOS é um ferramenta para infraestrutura de montagem de genomas. É um software livre e de código aberto licenciado pela GNU/Linux.AMOS é composto por três pacotes importantes:
- AMOScmp - Um comparativo de montagens;
- Minimus - Uma montagem básica para pequenas bases de dados;
- ABBA - Montagem impulsionada por sequencia de aminoácidos.
O desenvolvimento do AMOS é mantido por diversos Institutos, Laboratórios e Universidades, como mostra abaixo abaixo.
- Direção e organização do projeto
- Infraestrutura
- Edição e automação de sequencias
- Detecção de sobreposição
Instituto de pesquisa Genômica:
- Criação pipelines
- Ferramentas automatizadas
- Correção de erros
Instituto Karolinska:
- Detecção de sobreposição
- Correção de erros
Laboratório Biológico Marine - Woods Hole
- Interface gráfica
- Integração de montagem de dados com analise de gene, polimorfismo.
2. Instalação do AMOS
O software pode ser obtido no site do projeto e obter outras informações que não foram documentadas aqui. O processo de instalação conta com uma série de dependências que necessitam de uma atenção especial antes de começar a compilação do pacote. Abaixo segue os pacotes necessários para a instalação inicial.# aptitude install cvs ash coreutils gawk gcc automake mummer mummer-doc libboost-dev
Para obter-se o AMOS pode-se utilizar os pacotes que estão disponíveis no sourceforge, há duas maneiras para baixá-lo; Como utilitário wget que irá pegar o arquivo compactado e através do repositório cvs que neste caso é o mais indicado. A sequência de comandos abaixo mostrará como instalar.
Ir para o diretório de instalação:
# cd /opt/
Baixar o software pelo cvs:
# cvs -z3 -d:pserver:anonymous@amos.cvs.sourceforge.net:/cvsroot/amos co -P AMOS
Instalar dependências:
# aptitude install ash coreutils gawk gcc automake mummer mummer-doc libboost-dev libstatistics-descriptive-perl libdbi-perl ibqt3-headers
Entrar no diretório onde estão os códigos fontes:
# cd /opt/AMOS
Rodar o arquivo bootstrap:
# ./bootstrap
Rodar arquivo de configuração da instalação:
# ./configure --with-Qt-dir=/usr/share/qt3
Comandos para a compilação:
# make
# make check
# make install
Copiar os arquivos executáveis para o diretório usr/local/bin/:
# cp /usr/local/AMOS/bin/* /usr/local/bin/
Opção para baixar o software pelo wget (OPCIONAL):
# wget http://sourceforge.net/projects/amos/files/amos/2.0.8/amos-2.0.8.tar.gz/download
Após instalá-lo verá que no diretório /opt/AMOS/bin, conterá diversos arquivos executáveis. Eles são partes do programa que são usados para as diversas operações na manipulação do DNA. Para visualizar os executáveis use o comando abaixo:
# ls /opt/AMOS/bin
3. Sobre o autor
José Cleydson Ferreira da Silva, técnico em Tecnologia da Informação pela Escola Técnica de Viçosa, graduando em Sistemas de Informação - Faculdade de Viçosa-MG.Iniciando em trabalhos com bioinformática.