XcrySden no OpenSuse, Fedora e derivados - Tutorial de instalação
Dica publicada em Linux / Introdução
XcrySden no OpenSuse, Fedora e derivados - Tutorial de instalação
XCrySDen é um software que simula a visualização da estrutura molecular e cristalina. Ainda fornece outras importantes funções.
Pode ser utilizado para visualização da estrutura química para os seguintes softwares de simulação ab initio:
Para utilizar o programa, é necessário encontrar arquivos que contenham informações da substância estudada. Esses formatos especificam a geometria da molécula ou átomo.
Existem muitos formatos de arquivos de química. Os formatos aceitos pelo XCrySDen são: XYZ, PDB e XFS - que é seu formato padrão.
2. Após descompactar o arquivo ".tar.gz-arquivo", cada usuário deve definir duas variáveis ambiente: XCRYSDEN_TOPDIR e XCRYSDEN_SCRATCH. Isso pode ser facilitado pelo script "xcConfigure", que faz algumas perguntas e configura o pacote accoring aos desejos do usuário.
Dependendo do shell que você está usando, se for bash, basta adicionar as linhas ao arquivo "~/.bashrc":
Para acessá-lo, digite no terminal:
vi $HOME/.bashrc
Grave as modificações e saia.
3. Entre no diretório do Xcrysden e execute o seguinte script no terminal:
./xcConfigure
4. O script xcConfigure modifica seu perfil (".bashrc", ou ".profile", ou ".cshrc", dependendo do shell). Ele define as duas variáveis ambiente (XCRYSDEN_TOPDIR e XCRYSDEN_SCRATCH) e modifica a variável PATH, incluindo o $ XCRYSDEN_TOPDIR para o caminho.
Então, você deve abastecer o perfil correspondente, a fim de carregar as definições recém-adicionados. Se você estiver usando o "csh" ou "tcsh-shell", em seguida, execute:
source ~/.cshrc
Para para sh-shell, execute:
. ~/.profile
Para bash-shell execute:
. ~/.bashrc
5. Então, finalmente, você pode executar o programa com o comando no terminal:
Xcrysden
Pode ser utilizado para visualização da estrutura química para os seguintes softwares de simulação ab initio:
- GAUSSIAN
- Pwscf
- CRYSTAL
- FHI98md
- WIEN2K
Para utilizar o programa, é necessário encontrar arquivos que contenham informações da substância estudada. Esses formatos especificam a geometria da molécula ou átomo.
Existem muitos formatos de arquivos de química. Os formatos aceitos pelo XCrySDen são: XYZ, PDB e XFS - que é seu formato padrão.
Procedimentos
1. Faça o download do software no endereço:2. Após descompactar o arquivo ".tar.gz-arquivo", cada usuário deve definir duas variáveis ambiente: XCRYSDEN_TOPDIR e XCRYSDEN_SCRATCH. Isso pode ser facilitado pelo script "xcConfigure", que faz algumas perguntas e configura o pacote accoring aos desejos do usuário.
Dependendo do shell que você está usando, se for bash, basta adicionar as linhas ao arquivo "~/.bashrc":
export XCRYSDEN_TOPDIR=/some/directory/path
export XCRYSDEN_SCRATCH=/some/directory/path
export XCRYSDEN_SCRATCH=/some/directory/path
Para acessá-lo, digite no terminal:
vi $HOME/.bashrc
Grave as modificações e saia.
3. Entre no diretório do Xcrysden e execute o seguinte script no terminal:
./xcConfigure
4. O script xcConfigure modifica seu perfil (".bashrc", ou ".profile", ou ".cshrc", dependendo do shell). Ele define as duas variáveis ambiente (XCRYSDEN_TOPDIR e XCRYSDEN_SCRATCH) e modifica a variável PATH, incluindo o $ XCRYSDEN_TOPDIR para o caminho.
Então, você deve abastecer o perfil correspondente, a fim de carregar as definições recém-adicionados. Se você estiver usando o "csh" ou "tcsh-shell", em seguida, execute:
source ~/.cshrc
Para para sh-shell, execute:
. ~/.profile
Para bash-shell execute:
. ~/.bashrc
5. Então, finalmente, você pode executar o programa com o comando no terminal:
Xcrysden