Usando uma header...

tem alguma alteração na compilação?

não... a mesma coisa... voce vai compilar somente o header.c

/* arquivo header.c */
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include "header.h"

int main()
{
mensagem();
}

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//Pode ser feito também utilizando um arquivo header.c com o código que é ligado ao arquivo header.h que contém apenas a estrutura das chamadas de função do arquivo header.c como está abaixo, em caso de programas maiores para facilitar a organização do código.

/* arquivo header.h*/
int mensagem();

/* arquivo header.c */
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int mensagem()
{
printf("Mensagem: Linux na veia!!!\n");
return(0);
}