Erro 404 em servidor Debian apache2

Olá, vou abrir um site em meu próprio servidor, então fiz com que a pasta principal do apache fosse /var/www/Site, e funciona, quando eu acesso meu IP ele funciona perfeitamente, porem quando eu acesso algum arquivo de dentro do site, por exemplo xx.xx.xxx.xxx/send ele da erro 404, coisa que não acontece quando eu uso o xampp.

Tente acessar o arquivo, e quando der o erro olhe nos logs do apache_erro ou erro_apache e veja o que ele informa.
Poste aqui as linhas que aparecem nos logs com referencias ao arquivo que vc tentou acessar.

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