Gerar Documentação

Fala galera!

Então, eu e mais alguns alunos estamos com um projeto de pesquisa na facul.
Fique com a parte de documentação e gostaria de saber se vocês conhecem alguma ferramenta que gere documentação. Uma que possa dizer o que foi alterado quando foi alterado etc. Enfim, ferramentas que possam gerenciar a documentação durante todo projeto.
Mas que seja freeware ou opensource.

pra gerar documentaçao eu nao conheco, mas tem o MS project, q ajuda a projetar e posteriormente documentar.

Fala galera,

Na facul, acabei ficando por testar ferramentas que geram documentação do código fonte.
Testei o Doxygen preciso de uma ferramenta que gere tbm a documentação do código fonte, como eu usei o Java do Doxygen, estava pensando em usar o JavaDoc, mas estou meio perdido :S

Gostaria de saber se o programa tem uma GUI, porque o que eu achei são arquivos .bat pra executar e não consegui fazer nada...
Onde que eu posso baixar o programa pra gerar a documentação em Java, para poder comparar com o Doxygen que eu já testei?

Abraços.