Anti-vírus?

Eu sou assim meio "incompetente de carteirinha" no que se refere a scripts, mas acho que o comando
$ sudo apt-get autoclean
associado ao cron poderia dar um jeito (se eu um dia tivesse que fazer isso, teria de dar uma boa pesquisada antes).
Mas uma vez eu previno para o fato de que a coisa vai virar uma carroça...
Pelo certo todo o HD tem de ser escaneado a cada vez, porque existem virus que se modificam e se instalam em outros lugares.

Aqui eu passo 3 coisas no pc semanalmente ou +/- isto, que são o clamav, rkhunter e o famoso chkrootkit disponível em:

http://www.chkrootkit.org/download.htm

O ideal seria usar um por um na mão acompanhando os resultados, porém você pode usar o clamav em algum script para verificar determinados discos/pastas no sistema! os verificadores de rootkit devem de ser executados pelo usuário para entender se há alguma ameaça e corrigi-la o mais rápido possível.

T+

Veja que não há antivirus realmente eficiente "em tempo real", mas que apenas aparenta ser eficiente em tempo real.
Portanto, o melhor é fazer como o amigo disse, usar um por um e fazer uma "obra de garimpeiro" para entender não somente quais os virus que estão chegando ao sistema, bem como por onde e em que situação eles chegam.

Se existe uma real preocupação com virus, a solução não pode ser amadorística, do tipo "deixa pra lá que o programa X resolve por si".
Lembrando que virus em geral atacam apenas o sistema Windows, mas os rootkits são feitos especificamente para atacar sistemas Linux ou "Unix-alikes". São raros, mas existem!