Script que execute comando em loop usando pares de arquivos que estão na mesma pasta [RESOLVIDO]

fvfreitas escreveu:

Oi Pessoal,
Eu preciso de ajuda para montar um script que rode um comando em loop com vários pares de arquivos que estão na mesma pasta.
Cada par de arquivo tem o mesmo nome com exceção de uma parte do nome deles, desta forma: arquivoY_RX_001.gz - os pares serão R1 ou R2.
O comando é o seguinte: mitofinder -j <arqivoY> -1 arquivoY_R1_001.gz -2 arquivoY_R2_001.gz -r mitogenoma -o 5 -p 4 -m 30000
Se alguém puder me ajudar a montar este script será ótimo!
Abraços

msoliver escreveu:


Att.: Marcelo Oliver
Boa tarde Freitas.
Existe um padrão para o nome dos arquivos?
Tipo:
arquivoY_R1_001.gz -2 arquivoY_R2_001.gz
arquivoY_R1_002.gz -2 arquivoY_R2_002.gz
arquivoY_R1_003.gz -2 arquivoY_R2_003.gz
.
.
.
Att.: Marcelo Oliver

fvfreitas escreveu:



Oi Marcelo,
É isso mesmo, o nome dos arquivos segue esta lógica, arquivoY_R1_001.gz e arquivoY_R2_001.gz.

Obrigado,
Felipe.

msoliver escreveu:


Só para esclarecer.
R1 R2 forma o par.
O que diferencia os pares é a numeração?
Tipo:
arquivoY_R1_001.gz e arquivoY_R2_001.gz. # PAR 1
arquivoY_R1_002.gz e arquivoY_R2_002.gz. # PAR 2
arquivoY_R1_003.gz e arquivoY_R2_003.gz. # PAR 3
.....

Att.: Marcelo Oliver

fvfreitas escreveu:

Oi Marcelo,
Na verdade o que muda no nome dos pares é a primiera parte do nome:
arquivoY_R1_001.gz e arquivoY_R2_001.gz. # PAR 1
arquivoX_R1_001.gz e arquivoX_R2_001.gz. # PAR 2
arquivoZ_R1_001.gz e arquivoZ_R2_001.gz. # PAR 3

Obrigado pela ajuda!
Abraço,
Felipe

msoliver escreveu:


Felipe, essa primeira parte do nome do arquivo, segue um padrão, tem alguma uma lógica...

Att.: Marcelo Oliver

fvfreitas escreveu:



Oi Marcelo,
O nome dos arquivos esta desse jeito aqui: 15864X6_190307_D00550_0549_BCD5KUANXX_S85_L001_R2_001.gz, variam, alem do R1 e R2, a primeira parte do nome, neste caso 15864X6 e a sexta, neste caso S85.
Seguem dois exemplos de pares:
15864X60_190307_D00550_0549_BCD5KUANXX_S36_L001_R1_001.gz
15864X60_190307_D00550_0549_BCD5KUANXX_S36_L001_R2_001.gz
15864X61_190307_D00550_0549_BCD5KUANXX_S51_L001_R1_001.gz
15864X61_190307_D00550_0549_BCD5KUANXX_S51_L001_R2_001.gz

Obrigado,
Felipe.

ls -1 DIRETORIOALVO/*.gz|awk '{if(NR%2>0) printf "%s" ,$0;else printf " %s\n" ,$0}' 

ls -1 DIRETORIOALVO/*.gz|awk '{if(NR%2>0) printf "COMANDO -1 %s COMANDO " ,$0;else printf "COMANDO %s COMANDO\n" ,$0}'|bash 

msoliver escreveu:



Felipe, o comando "ls" mostra a saída em ordem alfabética, sendo assim, a cada duas linhas da saída do "ls", temos um par de arquivos.
O comando:

ls -1 DIRETORIOALVO/*.gz|awk '{if(NR%2>0) printf "%s" ,$0;else printf " %s\n" ,$0}' 

Lista um par por linha.
Inclua os comandos necessários no "printf" e direcione para o bash, exemplo:

ls -1 DIRETORIOALVO/*.gz|awk '{if(NR%2>0) printf "COMANDO -1 %s COMANDO " ,$0;else printf "COMANDO %s COMANDO\n" ,$0}'|bash 

É isso...
IMPORTANTE => echo -e "$(lynx --dump goo.gl/a9KeFc|sed -nr '/^[ ]+Se/,/dou.$/p')"
Att.: Marcelo Oliver

paulo1205 escreveu:

Uma solução usando apenas o shell.

for arq_r1 in *_R1_001.gz; do

  nome_base="${arq_r1%_R1_001.gz}"  # Remove o sufixo “_R1_001.gz”.

  arq_r2="${nome_base}_R2.001.gz"  # Aplica o sufixo “_R2_001.gz” ao nome base.

  mitofinder -j "$nome_base" -1 "$arq_r1" -2 "$arq_r2" -r mitogenoma -o 5 -p 4 -m 30000

done 

Opcionalmente, você pode querer confirmar se o nome com sufixo “_R2_001.gz” existe, antes de invocar o programa mitofinder. Nesse caso, você pode troca a linha que chama o programa pela seguinte.

  [ -e "$arq_r2" ] && mitofinder -j "$nome_base" -1 "$arq_r1" -2 "$arq_r2" -r mitogenoma -o 5 -p 4 -m 30000 

... “Principium sapientiae timor Domini, et scientia sanctorum prudentia.” (Proverbia 9:10)