Antes do Mupen e do Mupen64plus, existiram outros emuladores como o 1964 e o Nemu. 1964 foi um dos primeiros emuladores de Nintendo 64, é open-source e foi desenvolvido por Schibo.

Na emulação de PlayStation One, um emulador começou a utilizar um sistema de plugins que aumentou a velocidade do desenvolvimento deste emulador, pois para adicionar uma nova característica não era necessário recompilar o emulador e permitiu que desenvolvedores unissem seus esforços de maneira mais eficiente.

Schibo, o inventor do 1964, informou a Zilmar que gostaria de fazer o mesmo com seu emuladores, então Zilmar escreveu as famosas especificações Zilmar. O 1964 só tinha versão para MS Windows. Logo apareceu um emulador multi-plataforma de código-fonte aberto com versões para GNU/Linux, o Mupen64, desenvolvido por Hacktarux.

O emulador (e todos os outros emuladores de Nintendo 64 que utilizavam as especificações Zilmar) necessitava de três plugins para funcionar (plugin de vídeo, de áudio e entrada) e, opcionalmente, o plugin do processador RSP (processava os ucodes ou os enviava para o plugin de vídeo e/ou de áudio), que aumentava a compatibilidade com alguns jogos.

Naquele tempo só havia um plugin do processador RSP (o plugin RSP do Project64 - você pode baixar alguns códigos da versão 1.4 deste emulador, que atualmente está na versão 1.7 beta, que tinha o código fechado e não tinha versões para GNU/Linux), então Hacktarux desenvolveu o emulador, o plugin do processador RSP (com suporte a vários ucodes para efeitos sonoros), vídeo, som, input (controle) e "portou" alguns plugins de código-fonte aberto para o GNU/Linux.

O Mupen64 teve sua última versão lançada em 26 de agosto de 2005, então em 13 de novembro de 2007 o usuário Richard42 fez um excelente "port" do plugin Rice Video, um dos melhores plugins de vídeo, e iniciou o projeto Mupen64-64bit, que tinha como objetivo fazer um "port" do Mupen64 para a arquitetura 64-bit e corrigir alguns bugs, porém muitos membros entraram para o time de desenvolvedores, o projeto cresceu muito e decidiram fazer uma versão aperfeiçoada, então mudaram o nome do emulador para Mupen64plus, pois algumas pessoas achavam que o emulador só era disponível para computadores que utilizavam o conjunto de instruções 64-bit.

Atualmente o Mupen64plus está na versão 1.5 e na versão em desenvolvimento já foram incluídos os códigos básicos para a jogatina online e o seu time de desenvolvedores mantém não só o emulador, mas também vários (e ótimos) plugins.