Não sei se entendi direito, mais ´não é tão complicado assim, pelo o que eu entendi voc~e tem alguns usuarios e cad um tem o seu diretorio você que fazer backup apenas de alguns arquivos e cada usuario poderá acessar apenas o seu propio arquivo de backup, bom vai dá um pouco de trabalho mais vamos lá.
A lógica é simples e praticamente a mesma, você vai criar um script de busca neste escript você coloca o que você quer igual no teu exemplo:
/home/teste1/*.pas
/home/teste2/src/*.jar
/home/teste3/*.doc
Dai você faz um script de recepção no qual fará a compactção de cada usuario gerando um arquivo .tar.gz para cada usuario ai neste mesmo script você cria um diretorio para cada usuario no servidor de backup, coloca cada tar.gz dentro da seu respectivo diretorio, n o sistema em php você cria uma conta de usuario para cada usuario, faça com que o seu script php redirecione cada login para a sua respectiva conta se puder fazer isso através de um banco de dados, melhor ainda,
ai quando o usuario fulanodetal acessar a sua conta ele vai ter uma pagina na qual você disponibilizará que ele acesse os arquivos de backup dele.
filedownload='/home/ftc/public_html/users-backup/'
database1='/home/ftc/public_html/backup/1'
database2='/home/ftc/public_html/backup/2'
database3='/home/ftc/public_html/backup/3'
mkdir $filedownlod/usuario1
mkdir $filedownlod/usuario2
mkdir $filedownlod/usuario3
cp /home/teste1/*.pas $database1
cp /home/teste2/src/*.jar $database2
cp /home/teste3/*.doc $database3
nome1='backup_usuario1'
nome2='backup_usuario2'
nome3='backup_usuario3'
ext='tar.gz'
tar -cvzf $nome1.tar.gz $database1
tar -cvzf $nome2.tar.gz $database2
tar -cvzf $nome3.tar.gz $database3
mv $nome.$ext $filedownload/usuario1
mv $nome.$ext $filedownload/usuario2
mv $nome.$ext $filedownload/usuario3
Ta ai uma ideia básica é claro eu fiz com pressa então faça os ajustes e com as noções do restante do tutorial você consigará terminar o sistema
sem maiores problemas
Na seção script 3 foi escretia pensando nessa mesma situação eu tava conferindo e você pode notar que segue a mesmas linha de raciocinio que eu idealizei agora:
http://www.vivaolinux.com.br/artigos/verArtigo.php?codigo=6040&pagina=5
Então é isso, memantenha informado qualquer duvida será um prazer ajudar e Viva o linux!!!!