De acordo com o site: Terminal/FAQ - GNOME Wiki!

... desde a versão 3.7, a opção de deixar o terminal transparente foi removida.

Acho muito prático o terminal transparente, fora a parte estética, sobrepondo as telas fica mais fácil seguir tutoriais, pois através das transparências, posso digitar os comandos e não copiar e colar.

Esta dica foi testada no seguinte ambiente:

• 3.9-1-amd64 #1 SMP Debian 3.9.8-1 x86_64 GNU/Linux
• GNOME versão 3.4.2
• GNOME Terminal versão 3.8.3

Arquivo /etc/apt/sources.lst:



Enfim, tudo tem início no endereço: Terminal/FAQ - GNOME Wiki!

Continua um pouco aqui: All Projects « git.gnome.org

E termina com algumas alterações minhas. Vamos lá:

1. Instalar a ferramente DevilsPie:

sudo apt-get install devilspie

2. Depois, criar o arquivo "gnome-terminal.ds" na Home do usuário em um diretório oculto, com o nome ".devilspie":

cd ~/
$ mkdir .devilspie
$ cd .devilspie
$ vi gnome-terminal.ds

Adicione este conteúdo ao arquivo:



Obs.: o nome "gnome-terminal-transparente" fica a seu critério, desde que seja um nome único para que outras janelas não fiquem transparentes.

Após feito isso, abra o terminal e selecione: Editar → Preferências do Perfil

• Na aba: "Titulo e Comando"
• No campo: "Titulo Inicial"
• Coloque: title=gnome-terminal-transparente

Agora, vamos testar executando o comando devilspie:
Bom, desta forma ainda temos que iniciar manualmente o efeito com o comando: $ devilspie Para que fique automático precisamos adicioná-lo na inicialização do sistema desta forma: $ gnome-session-properties
E adicionar para a inicialização:
Pronto!

Neste link Terminal transparente, disponibilizo um PDF com imagens de todo o processo.