Aplicativos do Linux deveriam seguir um layout padronizado?

Na minha humilde opinião, não.

A grande vantagem do sistema linux é justamente a liberdade que ele oferece.

Uma padronização exigiria que fosse definido um gerenciador de janelas, e isso já acabaria com metade da diversão do linux.

Já expressei minha opinião aqui. Acho que não!
Olha, Linux permite vários ambientes graficos: GNOME, KDE, Unity etc... e aplicativos são feitos em C, Python, QT, GTK etc... etc...
Uma das principais, para mim, vantagens do Linux é a sua diversidade!
Sou favorável à existência dos mais diversos aplicativos e pacotes, com ou sem GUI, vários ambientes gráficos e distros diferentes....
Para que padronizar? Windows é um só.... GNU-Linux são vários... cada um usa o que gosta ou quer.
Para que tudo KDE? e os que usam GNOME?
Para que tudo KTorrent? e os que usam Transmission, Deluge, Vuze.
E os que usam vários pacotes e várias interfaces gráficas, vários tipos de terminal, como eu?Iríamos enjoar de Linux num instantinho.
Resumindo, acho que primeiro o usuário deve escolher a Distro que gosta, experimentar várias. Dentro da Distro e interface que escolher, os aplicativos são "padrão".
Se ele quiser, ou pode ter crise de distro, ou simples, quer testar, testará várias, aprenderá e usar várias e as que não gostar, ou não souber usar, simplesmente não usará. Normal.
com o tempo, ou o usuário conhecerá várias distros, ou aprenderá apenas uma, a que usa.
Ainda, seja autodidata , ou com curso, usuários de windows não usam qualquer linux, mas usuários de linux, geralmente usam qualquer linux e qualquer windows. Não fazem questão dum botão Iniciar, sempre no meesmo lugar, porque sabem que em linux é diferente,

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Albfneto,
Ribeirão Preto, S.P., Brasil.
Usuário Linux,Linux Counter: #479903.
Distros Favoritas: Sabayon, Gentoo, OpenSUSE, Mageia e OpenMandriva.

cara eu sou "mega defensor" de padrões... mas neste caso em específico eu digo que sou contra :)
explicações:
1) para um "padrão" ser definido e ele tem que ser feito por uma entidade q tenha respaldo (uma ISO, RFC ou algo do tipo...) e acredito q nesse caso isso seja inviável porque teria que meter o dedo diretamente na ferida dos outros (no caso o produto dos desenvolvedores)... então QUEM iria estabelecer este padrão?
2) mesmo que exista um padrão feito por um entidade reconhecida, nada obriga que o povo a adote... tipo existe a ISO 26300 mas todo mundo ainda usa a porcaria dos docx, xlsx, pptx...
3) a existência de padrões geram dificuldades para o aperfeiçoamento e melhoramento do mesmo, dado que ninguém nunca quer mudar o bom e velho padrão (por pior ou obsoleto que este esteja), o que poderia trazer um grande retrocesso...
Até acharia legal a proposta de padronizar um aplicativo como o LibreOffice para ter a mesma interface entre plataformas diferentes, mas não generalizar todo aplicativo como um gerenciador de arquivos ou uma calculadora... O LibreOffice eu acredito que tenta adaptar a sua interface de acordo com o ambiente usado, isso de forma educacional é péssimo... mas vai falar isso para os designers que ganham a vida criando ícones diferentes para cada ambiente...
Nada impede alguém de fazer um fork do LibreOffice que tenha a interface igual pra todo mundo, iria achar um projeto bem interessante...
Enfim acho válida a discussão do assunto mas teriamos que fechar mais o escopo da mesma em vez de o deixar tão abrangente.

Antigamente existia o Human Guidelines Interface, seguido pela maioria dos desenvolvedores do Linux. Hoje já virou uma zona.

Simples.... seja Livre! use Linux!.

Eu, pessoalmente, gosto da liberdade que o Linux oferece, é o que diferencia o Linux do Windows.

O problema é que o pessoal que está acostumado com o Windows não tem muitas opções de escolha (como por exemplo a interface) e por isso que as pessoas que já usaram o Windows por muito tempo têm dificuldades em usar o Linux como sistema principal.

Se existem dois públicos distintos que demandam por soluções distintas, devem existir distribuições distintas. Assim como existem distribuições distintas para Servidor e Desktop, devem haver distribuições Desktop para usuários avançados "Advanced" e usuários leigos "Standard".

A diversidade é importante por incentivar a inovação e permitir liberdade de escolha. As multiplas interfaces do Linux não são piores que as dos sistemas operacionais proprietários. Algumas evidências podem ser percebidas pelas diversas inovações copiadas pelo Microsoft Windows 8, 8.1 e 10.

Por outro lado, existe uma grande base de usuários leigos do Ubuntu Desktop e agora do Ubuntu Touch (para smartphones) que se beneficiariam imensamente com uma interface gráfica Unity padronizada "Standard" que ele poderia usar tanto no PC quanto no celular.

Então minha recomendação é que os cursos de Linux e aplicações open source como o Libre Office se beneficiem desta padronização, ainda que ela seja de um fornecedor específico, como no caso a Canonical.