Ao configurar o proxy na interface do Eclipse (Window > Preferences > General > Network Connections) e informar o usuário e senha, o Eclipse pede para criarmos uma senha para o Armazenamento Seguro (Secure Storage).

Caso a senha não apareça para você e as configurações de usuário e senha não estão sendo salvas na interface, exibirá no Log de Erros (Error Log) a mensagem "No secure storage modules found" ao aplicar as configurações de Proxy. Para resolvermos este problema, abra "Window > Preferences > General > Security > Secure Storage" e, em "Master password providers", marque a caixa "UI Prompt" e dê "OK". Agora, reconfigure o proxy com a senha novamente. Caso o problema persista, remova o diretório ~/.eclipse/org.eclipse.equinox.security para excluir todas as senhas armazenadas pelo Secure Storage. Porém, toda vez que iniciamos o programa ao salvarmos o usuário e senha do Proxy no Eclipse ele pede a senha que configuramos no Secure Storage, e isso irrita com o tempo. Muito. Isso ocorre por que o usuário e senha do Proxy são criptografados e salvos com a senha mestra que digitamos ao salvarmos a configuração de Proxy e, para usá-la, o Eclipse precisa acessar o Secure Storage para obter o usuário e a senha do Proxy.

Procurando na internet, não pude encontrar nenhuma solução para este problema. Este "problema" é proposital: Em Secure Storage, ao marcarmos a caixa "UI Prompt", aparece a seguinte Descrição: "O provedor exibe a tela de login do Secure Storage para que o usuário possa digitar a senha 'mestra'. Este provedor não mantém a senha 'mestra' salva e requer que o usuário a digite".

Em outras palavras: Para acessar o Secure Storage, precisamos digitar nossa senha 'mestra' sempre, não há como salvá-la. Provavelmente os desenvolvedores do Eclipse pensaram na segurança dessa solução (para que o usuário e senha do Proxy não caiam em mãos erradas), mas para quem usa Proxy autenticado acaba se deparando com esta mensagem toda vez que inicia o Eclipse.

Para "removermos" esta mensagem, desmarque a caixa "Require authentication" nas Configurações de proxy do Eclipse (ou remova o arquivo "~/.eclipse/org.eclipse.equinox.security" para remover todas as senhas salvas do Secure Storage ou ainda pela interface gráfica em "Window > Preferences > General > Security > Secure Storage", na aba "Contents", selecione "[Default Secure Storage]" e clique no botão "Delete" no canto inferior direito da tela, dê "OK" e reinicie o Eclipse).

Caso a mensagem persista, remova o arquivo "configuration/.settings/org.eclipse.core.net.prefs" no local onde o Eclipse está instalado. Este arquivo é responsável por salvar as configurações de Proxy das Preferências do Eclipse (ele não salva usuário e senha, que são salvas no Secure Storage - Ele apenas salva informações não confidenciais do Proxy, como endereço e porta). Para acessarmos o Eclipse através do Proxy, edite a linha "Exec" do atalho do Eclipse (provavelmente localizado em "/usr/share/applications/eclipse.desktop") para:


Para usarmos o Eclipse utilizando as configurações do sistema, abra as configurações de Proxy (Window > Preferences > General > Network Connections) e selecione a opção "Native". Note que ele utilizará as configurações do sistema (destacada em fundo escuro na foto abaixo): Com isso, o Eclipse passará a utilizar Proxy para instalar novos plugins e procurar por atualizações sem utilizarmos o Secure Storage, tendo que digitar a senha de Proxy todas ás vezes que iniciamos o programa.